Kežmarský chrám je najmladším a svojimi rozmermi ( vnútorné rozmery: dĺžka 51m, šírka 22m, výška hlavnej lode 15,75m) jedným z najväčších spišských gotických trojloďových kostolov. Presbytérium je dlhé 23,5m, šírka 11,5m je rovnaká ako šírka hlavnej lode, čo umocňuje celkový mohutný dojem z chrámu. Sieťová klenba, vytvorená na princípe pretínajúcich sa dvojíc paralelných diagonálnych rebier, spočíva na masívnych polygonálnych pilastroch a konzolách, z ktorých dve sú ukončené maskarónmi v podobe muža a ženy. V strede klenby, v miestach kríženia rebier, sú na spôsob svorníkov umiestnené drobné rozety alebo štítky s erbmi. Presbytérium je presvetlené veľkými neskorogotickými oknami s individuálne riešenými kružbami. Polygonálnom závere presbytéria sú kružby bohatšie riešené, zatiaľ čo na južnej stene sú pomerne jednoduché, rovnako ako vo trojlodí. Odstup okien a ich výška sa smerom k polygonálnemu záveru presbytéria postupne znižujú, čím sa hĺbka svätyne opticky zväčšuje.
Vedľa vchodu do sakristie sa nachádzajú dve pastofória. Z prestavby okolo r. 1320 pochádza výklenkové pastofórium s trojuholníkovým štítom so zuborezom a zvyškami polychrómie Baránka. Druhé pastofórium z r. 1444- 1486 je v podobe vežičky s fiálami, krabmi a krížovými kyticami. Spočíva na polygonálnej nohe a na podobnom sokli. Jeho strednú časť uzaviera kovová mreža, nad ktorou je motív kružbového panelu V jej hornej časti sa nachádza drevená plastika Madony s dieťaťom z polovice 15. storočia, podľa vzorov z kolínskeho okruhu. Pastofórium pokračuje nad plastikou baldachýnom ukončeným štíhlou fiálou. Obe pastofória boli „ zreštaurované“ v r.1868-1870, kedy chýbajúce časti boli doplnené štukou a drevom. V r. 1486 postavili do svätyne vedúcu malú južnú predsieň so sedlovými portálmi v tvare oslieho chrbta s pravouhlým rámovaním a pretínajúcimi sa prútmi. Vnútorný portál okrem roku osadenia je ozdobený erbom mesta Kežmarok a erbom majiteľov hradu a donátorov kostola – Zápoľských. Architektonické tvaroslovie južného vstupu sa opakuje na portáli vedúcom so svätyne do sakristie. Pomerne vysoko umiestnené pätky sú krútené alebo diamantové. Nad portálom je nápisová tabuľa z čias neskorogotickej úpravy objektu z r. 1868. Sakristiapochádzajúca z prestavby okolo r. 1320 má obdĺžnikový pôdorys a je klenutá troma poliami krížovej klenby s klinovými rebrami, dosadajúcimi na kružbové a ostrohové konzoly podobne ako v Levoči v gotickom kostole minoritov. V strede kríženia sú svorníky s reliéfom baránka, s hviezdou a s polmesiacom. Nad sakristiou sa nachádza neskorogotická empora otvorená do svätyne vysokými lomenými arkádami. Emporu zo sakristie sprístupňuje vnútorné schodisko a uzatvára ju neskorogotický portál so zošikmenými nárožnými hranami. Má vysokú gotickú sieťovú klenbu, ktorej rebrá so žliabkami dosadajú hladko na stenu alebo na oblé prípory, prípadne na štítok alebo na malú konzolu s vegetatívnymi úponkami. Vo východnej stene sa nachádza zvonku zamurované malé rozetové okienko. Empora je vydláždená pôvodnou neskorogotickou diagonálne položenou tehlovou dlažbou.
Svätyňa sa triumfálnym oblúkom napája na rovnako širokú strednú loďpseudohalového trojlodia. Lode od seba oddeľujú arkády, ktorých lomené oblúky plynulo prechádzajú do siedmich oktogonálnych pilierov dosadajúcich na mohutné polygonálne pätky. Vysoké a široké arkády spájajú tri priestory do optického celku. Mohutná stredná valená klenba je tvorená zložitým hviezdicovým motívom, bočné lode majú sieťové – takmer atektonické klenby. Subtílne, bohato profilované rebrá dosadajú na obvodové múry a piliere bez konzol, s náznakmi prekríženia. V západnej časti strednej lode je neskorogotický organový chór podklenutý hviezdicovou klenbou a ukončený kamennou, čipku pripomínajúcou mrežou, zostavenou z kružieb s motívom rotujúcich plamienkov. Na chór je prístup po schodisku na južnej strane cez novší renesančný portál. Na stĺpoch trojlodia, chóru i na rebrách je niekoľko druhov kamenárskych značiek. V západnej časti južnej lode je niekoľko štítkov so značkami a erbmi.
Trojlodie sprístupňujú dva portály. Južný portálje honosnejší, umiestnený pod otvorenou južnou predsieňou zaklenutou hviezdicovou klenbou. Portál je dvojosový so segmentovou kružbou v tympanóne a s profilovaným ostením, na ktorom sa objavuje motív pretínania. V strede a po stranách vstupných arkád sú na konzolách, pod baldachýnmi z prepletených vetvových úponiek, umiestnené skulptúry Bolestného Krista, P. Márie a sv. Jána. Nad arkádami je páska s minuskulovým nápisom s dátumom ukončenia stavby „crux nos sancta tuere 1498“. Zo severnej strany vedie do chrámu podobný, ale jednoduchší portál s predsieňou z konca 16. storočia.
Veža chrámu má základy z prvej polovice 13.storočia, v jej prízemí sú zvyšky ústupkového portálu vedúceho do hlavnej lode chrámu, odtlačky klenieb a v rohoch zvyšky kamenných náznakov rebier,ktoré majú blokový charakter. V hornej časti sa zachovali v troch poschodiach nad sebou na všetkých štyroch stranách dnes zamurované neskorogotické sedlovozáclonkové zvukové otvory. Z vonkajšej strany je veža členená dvoma voľakedy podstrešnými, dnes kordónovými rímsami. Spodná staršia /z 1320? / je tvorená vlysom s plytkými kruhmi, horná neskorogotická, má vlys na troch stranách s motívom slepých kružbových panelov a na štvrtej južnej strane s motívom štvorlístkov. Polychrómia je tmavočervenej farby s bielym podkladom. Ochodza s renesančnou atikou pochádza z poslednej stavebnej etapy z r. 1591.