Najstaršie kežmarské cintoríny boli pri kostole sv. Michala, sv. Alžbety i sv. Kríža. Kostol sv. Michala patril slovanskej osade, ktorá bola na vŕšku nad dnešnou železničnou stanicou. Jeho neskororománske základy z 12. stor. sa odkryli r. 1987 a keďže nikto neprejavil záujem o ich konzervovanie a reštaurovanie, boli zasypané. Kostol sv. Alžbety patril dedine saských kolonistov a jeho základy z pol. 13. stor., ktoré odkryli v 15. stor. Vysokovážené osobnosti sa pochovávali priamo do hrobiek pod kostolmi.
V čase protireformácie museli protestanti pochovávať svojich mŕtvych mimo mestských hradieb – tak vznikol r. 1674 dnešný cintorín. Postupne sa rozširoval a od r. 1784 začali doň pochovávať aj katolíkov – na ľavú stranu, kým na pravej boli hroby protestantov. Tento zvyk ostal do zač. 20. stor.
Najstarší kamenný epitaf je z r. 1691 a patrí obchodníkovi Žigmundovi Reinischovi – dnes je uložený v malom domci s mrežami. Z r. 1709 sú hroby popravených kežmarských predstaviteľov Jakuba Kraya a Martina Lányho (kameň ich tretieho druha Šebastiána Toportzera sa nezachoval). Všetci traja boli popravení po dobytí mesta cisárskym vojskom preto, že aj ich pričinením sa mesto Kežmarok pridalo na stranu proticisárskeho povstania Františka Rákocziho ll., nevlastného syna Imricha Thökölyho.
Na cintoríne odpočíva aj dr. Vojtech Alexander s rodinou, profesori lýcea a gymnázia Fridrich Scholez, Jozef Dlhányi, Štefan Palcsó, Hugo Stenczel, Alfréd Grosz atď., zakladateľ Karpatského spolku Anton Doller, historici Dávid Kuntz, Štefan Linberger, Alojz Miškovič, zakladateľ kežmarského peňažníctva a požiarnictva Július Demiány a ďalšie známe osobnosti Spiša. Mnohé hroby, ako aj samotná cintorín, sú zapísané v zozname pamiatok východného Slovenska.